Fatos Lubonja urodził się w 1951 roku w stolicy Albanii - Tiranie. Jest synem Liri i Todiego Lubonji, który w początkach lat siedemdziesiątych XX w. kierował albańskim radiem i telewizją. W 1973 r. ukończył studia fizyczne na Uniwersytecie w Tiranie. W następnym roku stanął przed sądem oskarżony o uprawianie propagandy kontrrewolucyjnej.
Dowodem w sprawie był jego prywatny dziennik, znaleziony w czasie rewizji. Skazany na 17 lat więzienia. Pierwszą część kary odbywał w więzieniu w Tiranie, w kolejnych latach przebywał w obozach pracy: w Spaçu, Ballsh, Qafë Bar, ponownie w Spaçu, Burrel i na koniec w obozie Kosovë e Madhe.
Wyszedł na wolność dopiero w 1991 r. W latach 90. XX w. działacz Forum Praw Człowieka, wydawca czasopisma Përpjekja (Wysiłek). Sławę międzynarodową zyskał jako autor tekstów, sytuujących się na pograniczu antropologii i filozofii polityki, analizujących współczesną tożsamość Albańczyków i przemiany świadomości, specyficzne dla okresu transformacji. Osobne miejsce w jego twórczości zajmują wspomnienia więzienne, w których autor z niezwykłą przenikliwością analizuje postawy ludzi zamkniętych w obozie pracy. W 2002 r. uzyskał Nagrodę Moravii, rok później Nagrodę Herdera. Występując przeciwko poparciu udzielanemu przez Albanię dla wojny w Iraku stracił stałą rubrykę w Shekulli - jednym z najbardziej poczytnych pism w Albanii. W jednym z artykułów polemicznych Lubonja zarzucił właścicielowi pisma - Koço Kokedhimie stosowanie cenzury i powiązania z rządzącą w Albanii ekipą. W 2003 r. stanął przed sądem, oskarżony o zniesławienie przez K.Kokedhimę, ale został oczyszczony z zarzutów.
Teksty Fatosa Lubonji stały się dostępne także dla polskiego czytelnika dzięki tłumaczeniom Doroty Horodyskiej. Zbiór tekstów ukazał się także w formie książki, wydanej przez Pogranicze w 2005 r., z przedmową Konstantego Geberta. W latach 2002-2008 r. Lubonja czterokrotnie odwiedził Polskę. Uczestniczył w dwóch projektach, realizowanych przez Wydawnictwo Czarne: Nostalgia - o tęsknocie za komunizmem i Znikająca Europa. W październiku 2008 r. wziął udział w IV edycji Festiwalu Opowiadania we Wrocławiu. Zaprezentował tam opowiadanie "Nieopublikowany wstęp".
8 października 2009 został uhonorowany nagrodą im. Sérgio Vieira de Mello przyznawaną za zasługi dla pokojowego współistnienia i współdziałania społeczeństw, religii i kultur. Uroczystość wręczenia nagrody odbyła się w krakowskiej Willi Decjusza.
